Bilimdeki gelişmelerin her geçen gün daha da artığı günümüzde, Özel Ege Lisesi bu hıza ayak uydurabilecek, araştıran, sorgulayan bireyler yetiştirmek amacındadır.  Öğrencilerine bilimi  görerek ve yaşayarak; ezberlemeden sevdirme ve  öğrenmelerini sağlamak amacıyla, laboratuvarlarını modern aygıt ve düzeneklerle donatarak öğrencilerin gerçekçi deney yapmalarına ve proje çalışmalarına olanak sağlamaktadır.

Özel Ege Lisesinde  fen derslerinde kullanılan toplam beş laboratuvar, araştırma ve proje çalışmalarında kullanılan bir proje odası bulunmaktadır. Öğrencilerine, proje çalışmalarında deney ortamı sağlayan, bağımsız çalışma, analiz-sentez yapabilme becerilerini ortaya çıkarmayı ve geliştirmeyi hedefleyen bir laboratuvar çalışma ortamı sunmaktadır. Öğrenciler, deneyi yapabilecek bilgi ve beceriyi kazandıktan sonra, deneyin niteliğine göre öğretmenlerinin gözetiminde ikili ya da üçlü gruplar halinde aktif ve planlı bir şekilde çalışırlar.

Öğrencilere deney öncesi bilgi düzeyi ve deney sonrası kazanımlarının değerlendirildiği testler  uygulanmaktadır. Öğrencinin laboratuvar ortamındaki akademik ve davranışsal hedeflere uyumu puanlanmakta ve tüm bu çalışmalar öğrencilerin yılsonu başarı notunu etkilemektedir.